Это гвозди со временем окислились, и ржавчина просочилась в верхний слой покрытия.
Что делать? Перед окрашиванием поверхностей, скреплённых негальванизированными гвоздями, забейте их как можно глубже, затем покройте шляпки водным герметиком на основе акрилата или акрилата с добавлением силикона. Место вокруг каждой шляпки загрунтуйте и окрасьте водоразбавляемым лакокрасочным материалом.
Если же вы перекрашиваете поверхность, на которой уже имеется ржавчина, сначала смойте ржавые пятна и потёки специальной смывкой (продаётся в магазинах).